有關同仁提出之構想案申請流程係依據本所「專利權管理作業細則」第5.2及5.3項規定辦理。
所內發明人對於研發所獲致之成果認為具有可專利性時，應填具「專利構想表」，並備齊相關文件，送交專利委員會進行初步審查。其相關流程如下所示。
　 　 　 　
  　 　 　 　
  (1) 專利構想揭露： 由發明人針對所欲提出專利申請之成果內容，完成「專利構想表」之填寫，其中包括發明內容之揭露、索引表及個人資料表部分。並備妥相關實驗數據影本或前案資料，經相關主管核可後，一併交由專利委員會進行提案檢查。有關發明內容之揭露應包含專利名稱、專利摘要、創作說明等﹙詳見專利構想表﹚。各欄位相關說明請詳見專利構想表﹙索引表﹚欄位詳細說明。
  　 　
  (2) 形式初審： 由專利委員會承辦人員﹙以下簡稱承辦人員﹚進行構想案初步資料審查、相關前案檢索。初步資料審查包括構想案相關內容揭露、資料繳交及構想表欄位填寫等，由承辦人員針對初步資料審查結果填具「專利構想提案檢查表」。承辦人員並會針對提出之構想案內容，進行相關專利前案之檢索。
　 　 　
  (3) 補充資料、前案比較： 如提出之構想案資料齊全，且承辦人員無檢索到相關專利前案，則將構想案送交專利委員會委員﹙以下簡稱委員﹚進行書面審查；如構想案資料欠缺﹙例如資料填具不完整、技術揭露不足等﹚或檢索到相關專利前案，則將構想案連同檢索資料一併退回發明人，請發明人進行補件或前案比較分析。
　 　 　 　 　
  (4) 書面審查： 專利構想案以書面審查為原則。基本上有二次書面審查機會，或召開專利委員會審查會議。
(i) 第一次書面審查：對於形式初審通過或已補正資料之專利構想案，將交由專利委員會委員依據構想內容是否符合新穎性、進步性及產業利用性等專利要件，以及建議申請與否和申請國家等進行第一次書面審查，並填具「專利構想書面審查表」。如委員全數無異議通過提出專利申請，則為審查通過；如針對構想內容，委員有資料補正或反對申請之意見，則需進入第二次書面審查。
(ii) 提出申復：針對委員於第一次書面審查之意見，由承辦人員彙整意見內容，要求發明人對於委員之意見提出補充說明或答辯。
(iii) 第二次書面審查：針對發明人提出之申復內容，由委員進行第二次書面審查，並填具「專利構想書面審查表」。如委員全數無異議通過提出專利申請，則為審查通過；如仍有委員有異議，則召開審查會議。
(iv) 開會審查：對於專利構想性質，或經再次審查仍有異議之構想案，則請發明人再次提供補充說明或答辯，由專利委員會召集人召開審查會議，並作成結論。
　 　 　 　 　
  (5) 審查完成： 承辦人員將審查結論填具「專利構想審查結論表」，並送副所長及所長批示。審查通過者，於簽核完成後，進行專利申請；審查不通過並批示不申請專利者，由發明人所屬組／中心採取以營業秘密保護或公開揭露方式處理；或發明人可於接獲審查結論三個月內，填具「專利構想再審申請單」提出再審申請。   
　 　 　 　 　
  (6) 不申請專利： 專利構想案之審查不通過並批示不申請專利者，由發明人所屬組／中心採取以營業秘密保護或公開揭露方式處理。
　 　 　 　 　
  (7) 專利構想再審： 專利構想案之審查不通過並批示不申請專利者，發明人可於接獲審查結論三個月內，填具「專利構想再審申請單」提出再審申請。
　 　 　 　 　
  (8) 專利申請： 經審查通過，且批示提出專利申請者，由承辦人員協助委託合適之事務所辦理專利申請業務。  
　 　 　 　 　
  (9) 專利審查： 專利申請過程中，對於專利代理人撰寫完成之說明書或相關資料，由專利委員會承辦人員填具「專利稿校正紀錄單」，連同所附資料交予發明人進行校稿確認。對於專利代理人或專利局審查委員提出之問題或核駁，則由專利委員會承辦人員填具「專利申請修正／答辯處理單」，連同相關資料交予發明人進行答辯。   
　 　 　 　 　
  (10) 專利獲得： 申請之發明經專利局審定獲得專利，專利委員會於獲得證書時，即填具「獲證通知單」通知發明人、企劃室及行政室。專利證書正本則交由行政室保存。